O ministro anunciou no último dia 16 que testou positivo para a doença. Indo contra o protocolo da doença que pede 14 dias de quarentena, participou do lançamento da Agenda do Prefeito + Brasil, plataforma do governo federal que promete auxiliar a gestão dos municípios.
Ao jornal Estado De S.Paulo, Salles se defendeu e declarou ter ficado dez dias em isolamento, sendo liberado por sua equipe médica. Contudo, não forneceu maiores detalhes sobre quem deu tal autorização.